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IMAG'IC

In the heart of Paris, the IMAG'IC cellular imaging Facility at the Institut Cochin offers high-resolution photonic microscopy services for imaging and analyzing the molecular and structural organization of cells, tissues and bioengineered materials.

Research facilities

Leader(s)

Pierre BOURDONCLE Permanent ITA Responsable plateforme

Certification(s)

15 microscopes

22 imaging techniques

5 networks

267 articles of which 82 with signature

260 trainings/year

3 Masters and 2 National trainings

Team members

Pierre BOURDONCLE Permanent ITA Responsable plateforme
Thomas GUILBERT Permanent ITA Ingénieure de recherche
Gabriel LE GOFF Permanent ITA Assistant engineer
Julie LESIEUR Permanent ITA Ingénieur d'étude
Bilal BOUKHORISSA Contract ITA
Raphael BRAUD-MUSSI Contract ITA Ingénieur d'étude
Assa DIABIRA Contract ITA
Kévin RAGUETTE Contract ITA Ingénieur d'étude

Scientific Board

Julie CHAUMEIL Permanent researcher Responsable d'équipe
Emmanuel DONNADIEU Permanent researcher Responsable d'équipe
Diana PASSARO Permanent researcher Responsable d'équipe

Equipments

  • 1 Imaging Flow Cytometer
  • 2 Super-Resolution microscopes
  • 2 Multi-photon microscopes
  • 4 Confocal microscopes
  • 5 Wide-field microscopes
  • 2 Macroscopes
  • 1 Vibratome
  • 1 3D Printer
  • Pump

more information

DIVE
prestation coupe

Services

  • Tissue clearing
  • Super-resolution microscopy SMLM : STORM, PALM, sptPALM, 3DSTORM
  • Super-resolution microscopy STED : STED-FLIM, 3D-STED, ExSTED
  • Expansion microscopy ExM : ProExM, TREx6, ExPath, ExSTED
  • Sectioning of thick tissues ( ~ 400µm) frais, fixed
  • Intra-vital imaging
  • Biosafety Level 2 BSL-2 (tissue of human origin)
  • Biosafety Level 3 BSL-3 (host-pathogen interaction, bacteria, parasites, viruses)
  • Images processing (Segmentation, Deep learning, Histo-cytometry, Tracking)
  • Cochin Image Database

more information

Applications

  • Cellular and molecular imaging
    • Super-résolution : STORM PALM STED STED-FLIM ExM
    • FRET FRET-FLIM FLIM Phasor
    • FRAP
    • Cell migration
    • Biosensors: Ca2+, pH, NaDH, Red/Ox, membrane tension
  • Tissue imaging
    • mouse models, fish, ovo, spheroid
    • Cell migration
    • Multiphoton-FLIM
    • Perfusion medium, anesthesia system, Intra-vital Imaging
    • SHG and THG contrast (collagen I and III, bone, fibrogenesis, sarcomeres)

Projects

Pierre BOURDONCLE

Cochin Image Database

Plateformes technologiques

Thomas GUILBERT

Quality control in light microscopy

Research facilities

Julie LESIEUR

Expansion microscopy ExM

Research facilities

Gabriel LE GOFF

Analyse d'images par deep-learning

Plateformes technologiques

Thomas GUILBERT

Intravital Microscopy

Research facilities

Julie LESIEUR

Clarification

Plateformes technologiques

Pierre BOURDONCLE
Thomas GUILBERT

QualiHealth : Enhancing the Quality of Healthcare Data

Research facilities

News

Bienvenue sur les plateformes de l'Institut Cochin
Published on
Technologies
Interview with the IMAG’IC core facility team on the international microscopy community site FocalPlane
Published on
Technologies
Mobilisation importante de l’Institut Cochin : 38 élèves de secondes accueillis en stage
Published on
Science et société

Trainings

Formation Cochin ImageJ 16 et 30 octobre 2024

Fin des inscriptions le 09/10/2023

Du 09/10/2024 au 30/10/2024

Formation Cochin QuPath 18 et 31 octobre 2024

Fin des inscriptions le 10/10/2024

Du 18/10/2024 au 31/10/2024

Formation CID Cochin Image Database

Fin des inscriptions le 20/12/2023

Du 20/12/2023 au 31/12/2024

Publications


ARL5b inhibits human rhinovirus 16 propagation and impairs macrophage-mediated bacterial clearance

2024 - PMID: 38332148
Suzanne FAURE-DUPUY et al.
EMBO Reports

Red-Emitting Pyrrolyl Squaraine Molecular Rotor Reports Variations of Plasma Membrane and Vesicular Viscosity in Fluorescence Lifetime Imaging

2024 - PMID: 39066698
Sonia Pfister et al.
Analytical Chemistry

The double-edged role of FASII regulator FabT in Streptococcus pyogenes infection

2024 - PMID: 39366941
Clara Lambert et al.
Nature Communications

Acute stress induces long-term metabolic, functional, and structural remodeling of the heart

2023 - PMID: 37380648
Thulaciga Yoganathan et al.
Nat Commun.

Funding

Networks

Contact

Pierre Bourdoncle

22 rue Méchain
75014 Paris

+33(0)1 40 51 65 84

Contact by email

Location

Roussy building

Localisation

Localisation

Alumni
Martin
 Révillon Master2 EBI Analyse et segmentation efficace d'images pyramidales
doctorat
Carla
 Polycarpe Master1 microscopie super résolution
Master Biologie Moléculaire et Cellulaire option Immunologie et Immunopathologies
Dylan
 Rouvier stage ingénieur
ingénieur SupBiotech
Simon
 Langlois Master2 STED-FLIM
ingénieur microsocpie MRI
Halle Ruth
 Togbonou stage quantification 3D Python
UPEC
Marion
 Laurençon stage Microscopie d'Expansion
Université McGill Montréal
Romain
Romain
 NAILLON Master2 FLIM STED
Ingénieur microscopie ImagoSeine
Meryem
 Rezzik Master2 FLIM STED
Ingénieur microscopie ICM
Linda
 Belgocine stage M2 Analyse et acquisition systémique en imagerie cellulaire
ingénieur
Ryma
 Bebane Ingénieur en traitement du signal
-
Attaché de recherche clinique ARC/TEC
Clémence
 Conan Stage ingénieur Histo-Cytométrie
Ingénieur
Wilson
 Rippon Stage ingénieur Microscopie STORM STED multi-marquages
Responsable d'équipe R&D Stago
Valérie
 Drouet Technicienne Exceptionnelle
-
Technicienne Exceptionnelle
Béatrice
 Durel ingénieur microscopie
-
ingénieur microscopie
Achraf
 Oufqir stage M2 Acquisitions et analyses systèmiques en imagerie cellulaire
ingénieur
Anatole
 Dannenmuller stage conception de cellules en impression 3D
3D Game Artist
Myriam
 Azarou stage L3 conception 3D pour la microscopie photonique
-
Chargée de missions QSE
Joisy
 Ngwese stage L3 L'imagerie in toto d'échantillon épais
-
ingénieur
Théo
 Campet stage ingénieur Synchronisation d'acquisition en microscopie multi-photonique intravitale avec la respiration du petit animal
Ingénieur Retency
Yasmine
 Khalil stage M2 Erreurs de localisation en microscopie
ingénieur traitement d'images et développement
Oscar
 Regnault stage BTS synchronisation respiration est scanner multi-photon
technicien supérieur en système numérique
Meriem
 Ouriachi stage L3 STORM multi-couleur
-
ingénieur
Gabrielle
 Carron stage M2 sptPALM
Graphiste & consultante marketing éthique
Mathieu
 Chebassier stage ingénieur restauration d'image par déconvolution 3D
Product Leader Services Configuration chez Renault Group
Sarah
 Barrin stage M2 microscopie multi-photon, coupes, perfusion, anesthésie, clarification
Ingénieure en analyse d'images chez Centre Léon Bérard
Jennifer
 Coridon stage M2 Photo-toxicité en photo-activation et PALM
-
Microscopy facility engineer
Louise
 Rimbault stage M1 Imagerie en Flux
Technicienne chez LABEO franck duncombe
Sidy
 DIOP stage M2 Photo-activation par laser pulsé sur microscope plein champ
ingénieur
Déborah
 Sitbon contrat d'apprentissage microscopie SR PALM
-
Ingénieure d’Etude Clinico-Biologique Recherche Translationnelle Institut Curie
Mathilde
 Bruge stage L3 Mise en place et évaluation d'un OPO oscillateur paramétrique optique installé sur un microscope multi-photonique
-
Intégrateur optique chez Azur Light Systems
Mébarek
 Temagoult stage M2 Comparaison des techniques de PALM/STORM avec le système Bioaxial
Ingénieur plateforme - Imagerie-Gif CNRS
Anaïs
 Bourges contrat d'apprentissage PALM STORM deux couleurs
-
Postdoctoral Researcher KU Leuven
Kherroubi
 Mawloud M2 Mise en place d'un serveur test d'images, permettant la stockage, l'archivage et la consultation en ligne
ingénieur
Camille
 Lebugle Ingénieur application laser
-
Lead developer Kosmos
Carine
 Breton L3 automatisation de la caractérisation de microscope photonique dans le cadre d'une démarche qualité
-
ingénieur
Mariano
 Gonzalez Pisfil M2 Mise en place d'un protocole de microscopie à haute résolution PALM STORM
FLIM expert chez Ludwig-Maximilians Universität München
Jérôme
 Touvier M2 Automatisation de restauration d'images par déconvolution 3D
ingénieur
Kompheak
 Eav M2 Acquisition et analyse automatique d'images biologiques
ingénieur
Cécile
 Fort L3 Restauration d'images par déconvolution 3D
-
Postdoctoral Scientist
Isabelle
 Bouchaert Ingénieur Microscopie plein champ et confocale
-
__
Mériem
 Garfa-Traoré Ingénieur Microscopie plein champ et confocale
-
Ingénieur Microscopie plein champ et confocale
Aude
 Jobart-Malfait Ingénieur Microscopie plein champ et confocale
-
Ingénieur

Institut Cochin

22, rue Mechain

75014 PARIS

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