Institut de recherche biomédicale
     

    Observation et acquisitions

    • Dans l'état actuel de la plate-forme, l'observation s'effectue en compagnie de l'ingénieur responsable. Il s'agit d'une garantie de rapidité et de qualité des acquisitions.
    • L'objectif de l'observation est de répondre à la question posée, et ensuite de conserver les données. Une première observation prendra toujours un peu de temps, pour s'habituer à l'aspect des coupes de microscopie électroniques à transmission et leur interprétation. Une fois l'œil éduqué, et s'il y a un résultat significatif, vient l'étape de prise de vue.
    • Il s'agit alors de sélectionner les champs d'observation les plus utiles et les plus significatifs pour répondre à la question posée.
    • Les observations sont réalisée à l'aide d'une caméra GATAN eslangshen montée en port 35mm, donc en grand angle qui permet champ de vision large. Ainsi il est possible de balayer rapidement la grille est de trouver les points d'intérêt. 
    • Dans certains cas, nous avons besoins d'une plus grande résolutions. Nous disposons d'une caméra GATAN Orius qui permet de monter dans les agrandissements et d'acquérir plus facilement les objets de petite taille.
    • Les acquisitions sont réalisées à partir du logiciel Digital Micrograph. 

     

    Acquisitions :

    Les acquisitions se présentent sous la forme de fichiers image au format dm3. Il s'agit du format du logiciel Digital Micrograph, qui ne peut être lu que par lui-même et un plug-in de imageJ.

     

    Nous effectuons donc sur la plate-forme directement après l'acquisition  une conversion des images au format tiff. C'est à cette étape que le demandeur récupère ses données.

     

     Ces images sont en couleurs indexées, font environ 3400 pixels sur 2600 à la résolution de 72pixels/pouces. Elle pèsent entre 8,9 Mo et 10,4 suivant la caméra utilisée. Nous suggérons aux utilisateurs de conserver ces images ainsi, et de travailler sur des copies converti es en niveau de gris, en jpeg si besoin est. 

     Ne pas oublier si vous voulez diminuer la taille des images sous photoshop ou the gimp d'augmenter la résolution en même temps sous peine de se retrouver avec quelques pixels à la fin.

    Par exemple, pour envoyer des photos par courriel, nous suggérons la manoeuvre suivante: Passer l'image en niveau de gris, monter la résolution en 300 pixels/pouce et en même temps diminuer la taille en 20 x15 cm. Enfin, enregistrer dans le format jpeg.

     

     Nous assurons la conservations de toutes les acquisition réalisées sur la plate-forme, pour l'instant pendant 3 ans. Néanmoins, en raison de l'absence de la possibilité d'une sauvegarde en réseau, non ne pouvons absolument pas garantir cette sauvegarde.

    Chaque utilisateur est donc responsable de la sauvegarde de ses données une fois qu'il les a récupérées.