L’axe Microbiologie réunit 15 équipes dont les activités, allant de la recherche fondamentale à la clinique, couvrent l’étude des interactions hôte-pathogène et des microbiotes. Nos équipes ont une activité historique et pionnière dans l’étude de la biologie des microorganismes pathogènes tels que les virus (VIH, VIS, HTLV, HSV, virus de la Fièvre Jaune, rhinovirus humains, virus de la grippe et Zika), bactéries (Shigella, Neisseria, Salmonella, Streptococci, E. coli), et parasites (Plasmodium), afin de comprendre les mécanismes qu’ils utilisent pour pirater les organismes infectés et interférer avec l’immunité humorale et cellulaire. Récemment, suite à l’émergence du SARS-CoV2, plusieurs équipes se sont mobilisées pour étudier ce nouveau virus. Nous étudions également les mécanismes moléculaires à l'origine de la résistance aux traitements antiviraux, antimicrobiens et antipaludiques, responsables des échecs thérapeutiques. Pour répondre à ces questions, nos chercheurs développent des approches moléculaires et cellulaires, des modèles précliniques, ainsi que des approches diagnostiques ou thérapeutiques. Nos liens avec l’Hôpital Cochin (GHU, AP-HP, Centre-Université Paris Cité) sont renforcés par la présence de cliniciens dans plusieurs équipes, et de trois équipes dirigées par des universitaires avec des responsabilités hospitalières. Nos équipes participent à plusieurs réseaux universitaires (Institut Hors Murs "Microb'Up"), nationaux (laboratoires d’excellence "Who Am I", "Inflamex", “IBEID”, "Parafrap", "Milieu Intérieur" et «GR-Ex», "FHU Prema") et internationaux ("Flavimmunity").