L’axe « Microbiologie » regroupe 10 équipes dont les activités s’étendent de la recherche fondamentale à la recherche clinique, avec un focus sur les interactions hôte-pathogène et les microbiotes. Nos équipes possèdent une expertise historique et pionnière dans l’étude de la biologie des micro-organismes pathogènes, qu’il s’agisse de virus (VIH, VIS, HTLV, HSV, virus de la fièvre jaune, rhinovirus humains, virus de la grippe, Zika), de bactéries (Shigella, Neisseria, Salmonella, Streptococcus, E. coli) ou de parasites (Plasmodium). L’objectif est de décrypter les mécanismes utilisés par ces agents pour pirater l’organisme infecté et interférer avec l’immunité humorale et cellulaire. Face à l’émergence du SARS-CoV-2, plusieurs de nos équipes se sont mobilisées pour étudier ce nouveau virus. Par ailleurs, nous explorons les mécanismes moléculaires à l’origine de la résistance aux traitements antiviraux, antimicrobiens et antipaludiques, responsables d’échecs thérapeutiques. Pour relever ces défis, nos chercheurs développent des approches innovantes : études moléculaires et cellulaires, modèles précliniques, ainsi que stratégies diagnostiques et thérapeutiques. Nos liens étroits avec l’Hôpital Cochin (GHU, AP-HP, Centre-Université Paris Cité) sont renforcés par la présence de cliniciens au sein de plusieurs équipes et par la direction de deux d’entre elles assurée par des universitaires ayant des responsabilités hospitalières. Nos équipes participent à plusieurs réseaux universitaires (MicrobEX), nationaux (laboratoire « FHU Prema ») et internationaux (« Flavimmunity »).