Prestations proposées par la plateforme HistIM

Déshydratation, Imprégnation et inclusion en blocs paraffine

La plateforme histIM traite tout type d’organes et toutes espèces. Après prélèvement et fixation des tissus par l’utilisateur, les échantillons sont à apporter en éthanol 70% sur la plateforme avec le formulaire Excel « Demande d’inclusion et/ou coupe paraffine », en version papier. L’automate de déshydratation et imprégnation paraffine est lancé les mardis et jeudis à 16h. Merci d’apporter vos échantillons en respectant ces délais. L’inclusion en bloc paraffine est effectuée le lendemain et les blocs récupérables dans l’après-midi.

Blocs cassettes : déshydratation, Imprégnation et inclusion en blocs paraffine
Lames blanche de coupe au microtome ou cryostat

Coupe au microtome ou cryostat

La plateforme réalise les coupes des blocs de paraffine sur microtome et les coupes de tissus congelés au cryostat pour des applications diverses :

  • Sur lames pour colorations, immunomarquages, HIS, TUNEL, etc..
  • En tubes, pour l’extraction et l’analyse de molécules biologiques

Elle est capable de réaliser la coupe de différents types de blocs et tissus particuliers, par exemple  :

  • Coupe de Sphéroïdes/organoïdes
  • Coupe de blocs de Tissue Micro Array (TMA)
  • Coupe de cellules (en agrégats inclus en agarose, ilôts pancréatiques isolés)
  • Coupe de tissus durs décalcifiés

Le formulaire Excel « Demande d’inclusion et/ou coupes paraffine » est à compléter et à joindre dans la demande « Open Iris ».
Le formulaire Excel « Demande de coupe cryostat» est à compléter et à joindre dans la demande « Open Iris ».

Colorations histologiques standard et spécifiques

La plateforme réalise des colorations morphologiques standard pour mettre en évidence la morphologie et l’organisation cellulaire et structurale complètes des tissus, sur coupes de tissus paraffine ou congelés. Ainsi peuvent être mis en évidence des anomalies structurales, l’inflammation et l’infiltration cellulaire, les tumeurs, des signes pathologiques (stéatose, fibrose, etc…).

Voici quelques exemples de coloration :

  • Hématoxyline/Eosine (coloration des noyaux en bleu et des cytoplasmes en rose)
  • Hématoxyline/Erythrosine/Safran (coloration des fibres en jaune)
  • Trichrome de Masson (coloration des fibres en bleu turquoise)
Coloration HES d’un intestin de souris en coupe transversale Coloration HES d’un intestin de souris en coupe transversale

Il est aussi possible de colorer le tissu de façon spécifique afin de révéler des composants particuliers dans le tissu (liste non exhaustive) :

  • Rouge Sirius : révélation du collagène et des fibroses
  • Pearls : révélation du fer
  • Oil-Red-O : gouttelettes lipidiques et stéatose
  • PAS (Acide Périodique Schiff) : mise en évidence des mucopolysaccharides
  • Bleu Alcian : mise en évidence des mucopolysaccharides acides
  • May- Grunwald-Giemsa : cellules immunitaires
  • Gram : bactéries
  • Rouge d’alizarine : calcium
Coloration bleu alcian sur intestin de souris en coupe transversale (mise en évidence des mucopolysaccharides) Coloration bleu alcian sur intestin de souris en coupe transversale (mise en évidence des mucopolysaccharides)
Rouge Sirius sur foie, mise en évidence du collagène Rouge Sirius sur foie, mise en évidence du collagène

Immunomarquage

La caractérisation du tissu est également réalisée au niveau moléculaire avec la mise en évidence de protéines cibles, par différents types d’immunomarquages :

  • Monomarquage fluorescent
  • Monomarquage avec révélation visible chromogénique (DAB/ Marron ou Rouge)
  • Double ou triple marquage en fluorescence
  • Double marquage en visible ( Marron et 1 autre chromogène)
  • Multiplexing technique OPAL (En développement)
  • Multiplexing technique Ultivue (En développement)

Les immunomarquages sont réalisés sur automate, Leica Bond RX. Les utilisateurs fournissent les anticorps primaires et la plateforme fournit tous les autres réactifs nécessaires au prétraitement des lames et leur montage et les anticorps secondaires :

  • En fluorescence : anti-lapin ou anti-souris, vert Dye light 488 ou rouge Dye light 555
  • En visible, anticorps secondaires couplés HRP : anti-lapin, souris, rat ou chèvre
  • En visible, anticorps secondaires couplés ALP : anti-lapin, souris.

Le formulaire Excel « Demande d’immunomarquage» est à compléter et à joindre dans la demande « Open Iris ».

Immunomarquage KI67, marquage nucléaire en rouge Immunomarquage KI67, marquage nucléaire en rouge
Double marquage chromogénique ER2/Moésine Double marquage chromogénique ER2/Moésine

Production de blocs TMA (Tissue Micro Array)

La plateforme HistIM possède un Tissue Micro Arrayer. La production d’un bloc TMA consiste à rassembler sur un seul et même bloc paraffine receveur, des carottes de tissus provenant de plusieurs dizaines de blocs donneurs.  Cela permet donc de réduire le nombre de blocs à traiter pour :

  • Un gain de temps : moins de blocs, moins de lames à traiter
  • Un gain de coûts : moins de réactifs à utiliser
  • Une meilleure fiabilité des résultats : tous les échantillons sont traités en même temps, dans des conditions expérimentales identiques.
  • Une meilleur analyse : tous les échantillons sont analysés en une fois sur la même lame.

Le formulaire Excel « Demande de blocs Tissue Micro Array (TMA)» est à compléter et à joindre dans la demande « Open Iris » correspondante.

Numérisation de lames virtuelles au scanner haut débit

La plateforme possède un scanner de lames, le "Lamina slide scanner" haut débit (250 lames automatisables) de chez Akoya Perkin Elmer. Cet automate est capable de faire l'acquisition de vos lames entières en quelques minutes, que ce soit en lumière visible (colorations histologiques ou révélation DAB des immunomarquages) ou en fluorescence, et d'en créer des lames virtuelles de haute résolution. Les lames virtuelles sont ensuite très facilement observables avec des logiciels spécifiques, comme Case Viewer ou Pannoramic Viewer, téléchargeables gratuitement sur internet. Avec ces logiciels appelés « microscopes virtuels », vous pouvez zoomer sur les régions d’intérêt sans perdre en résolution, en faire des captures, des annotations, des mesures, des comptages manuels.

La plateforme centralise et scanne les lames, à votre demande, tous les lundis et mardis matins.

Le formulaire Excel « Demande d’acquisition de lames virtuelles» est à compléter et à joindre dans la demande « Open Iris » :

  • Dans la demande de service « demande de prestation paraffine » quand les lames sont issues de prestations réalisées sur la plateforme à partir de tissus inclus en blocs de paraffine.
  • Dans la demande de service « demande de prestation congélation » quand les lames sont issues de prestations réalisées sur la plateforme à partir de tissus congelés.
  • Dans la demande de service « Lames seules : demande de numérisation en lames virtuelles » lorsque vous apportez vos lames déjà colorées ou immunomarquées.

Analyse d’images

Selon le projet, le type d’analyses, le degré d’analyses demandés et après discussion, la plateforme peut prendre en charge tout ou partie des analyses d’images.

La plateforme peut aussi vous apporter son aide et ses conseils à l’observation et à l’analyse des lames.

Elle peut aussi vous former au logiciel INFORM pour réaliser les analyses en autonomie.

Avec le logiciel INFORM, les analyses peuvent être faites sur coloration histologique, immunofluorescence ou immunomarquage visible, pour différentes applications :

  • Segmentation des tissus
  • Quantification du pourcentage de surface marquée
  • Quantification du pourcentage de cellules marquées
  • Phénotypage des cellules