Prestation Transcriptomique Spatiale

Explorez la cartographie de l’expression génique au sein des tissus grâce à la technologie Visium de 10X Genomics, proposée en collaboration entre les plateformes HIST’IM, GENOM’IC et BIOINFORMAT’IC.

Depuis 2019, nous accompagnons les équipes dans leurs projets de transcriptomique spatiale. En 2025, l’acquisition du CytAssist permet désormais de travailler avec des lames V2 et HD, sur des tissus congelés ou fixés.

Une collaboration inter-plateformes pour une expertise complète

Chaque projet démarre par une réunion préparatoire avec les trois plateformes. Elle permet d’évaluer la faisabilité du projet, de choisir l’approche technique la plus adaptée, de définir un calendrier réaliste, et de fournir un devis détaillé pour chaque étape.

Ce que comprend notre prestation

🔹Contrôle qualité initial des coupes tissulaires

🔹Préparation des banques à partir des lames Visium (par GENOM’IC)

🔹Séquençage sur NextSeq (Illumina) en lectures pairées

🔹Analyse bioinformatique (optionnelle) par BIOINFORMAT’IC, avec plusieurs niveaux d’interprétation

⚠️ Avant tout dépôt de projet, une réunion obligatoire avec les plateformes est requise.

Contactez-nous pour initier un projet : u1016-genomique@inserm.fr, u1016-histim@inserm.fr, u1016-bioinformatic@inserm.fr

Transcriptomique spatiale : une solution complète

Les plateformes GENOM'IC, HISTIM et BIOINFORMAT’IC proposent un accompagnement expert pour vos projets de transcriptomique spatiale, en s’appuyant sur les technologies de pointe développées par 10X Genomics.

Nous proposons un soutien personnalisé à chaque étape du workflow, depuis l’évaluation de la faisabilité jusqu’à la production de données exploitables.

Après validation de la qualité des tissus analysés, la plateforme HISTIM prend en charge la préparation des coupes sur lame : coloration, imagerie et les différentes étapes jusqu'à l'hybridation des sondes sur le CytAssist. GENOM’IC assure ensuite la préparation des banques et leur séquençage. Enfin, la plateforme BIOINFORMAT’IC propose plusieurs niveaux d’analyse des données, allant du traitement standard à des analyses plus approfondies.

N'hésitez pas à nous contacter pour plus de détails.

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