Prestation Single Cell

Transcriptomique unicellulaire – Single Cell RNA-Seq

La plateforme GENOM'IC vous accompagne pour explorer l’hétérogénéité cellulaire de vos échantillons grâce aux approches de transcriptomique sur cellule unique.

Nous utilisons la technologie Chromium (10X Genomics) pour le traitement des cellules et la préparation des librairies. Cette méthode permet l’analyse du transcriptome de cellules individuelles en parallèle, à partir d’un seul échantillon.

Notre prestation comprend :
🔹 Le contrôle qualité initial de la suspension cellulaire ou des noyaux (viabilité, concentration)
🔹 L’encapsulation des cellules/noyaux sur le Chromium iX et la préparation des banques
🔹 Le séquençage des banques sur NextSeq (Illumina), en lectures pairées
🔹 Le contrôle qualité des données brutes

Chaque projet est discuté en amont pour garantir une compatibilité optimale avec les contraintes techniques de l’approche single cell (nombre de cellules, intégrité, type d’échantillon, etc.), et définir les protocoles et approches optimaux. Un devis personnalisé est établi selon vos objectifs.

N'hésitez pas à nous contacter directement pour toute demande de projet (u1016-genomique@inserm.fr)

Description de la prestation Single Cell

La plateforme GENOM'IC propose un accompagnement expert pour vos projets de transcriptomique unicellulaire, en s’appuyant sur les technologies de pointe développées par 10X Genomics.

Nous sommes à ce jour l'une des seules plateformes en Île-de-France à proposer un soutien personnalisé à chaque étape du workflow, depuis l’évaluation de la faisabilité jusqu’à la production de données exploitables.

Nous prenons en charge une large gamme de protocoles 10X, incluant:
🔹 3' scRNAseq (+/- protéines de surface)
🔹 5' scRNAseq (+/- VDJ ou +/- protéines de surface)
🔹 Multiome : expression + accessibilité chromatinienne (ATAC) (noyaux seulement)
🔹 Flex GEM-X (+/- protéines de surface) – nouvelles générations de kits pour échantillons fixés ou FFPE (humain et souris seulement)
🔹 Autres protocoles spécifiques sur demande

Avant tout dépôt de projet, une réunion préparatoire avec l'équipe est obligatoire.

Chaque projet single cell étant unique, nous vous aidons à définir les conditions optimales :
– Type d’échantillon et préparation en amont
– Protocole adapté aux objectifs scientifiques
– Nombre de cellules, profondeur de séquençage, analyses souhaitées

Nous restons disponibles à chaque étape du projet pour répondre à vos questions techniques et vous conseiller. Contactez-nous dès les premières étapes de votre projet pour en discuter.

 

Application Input de départ
3', 5' ou Multiome 20 à 30 000 cellules ou noyaux
Flex

300 000 cellules minimum

500 000 noyaux minimum