Coupe épaisse de tissu
A partir d’échantillon murin ou Humain, frais ou fixés, les coupes se font à l’aide d’un vibratome (VT 1200S, Leica) localisé en L2. Le tissu est inclus dans de l’agarose low gelling qui va servir de maintien et faciliter la coupe. Les coupes (100µm à 500µm) sont collectées puis conservées avant d’être utilisées pour de la clarification ou de l’imagerie in vivo
Certains de nos microscopes sont en milieu de confinement L2, ils sont équipés de chambres thermostatées, du matériel nécessaire pour réaliser des perfusions et du time-lapse, en condition de températures et d’échanges gazeux adéquats, permettant par exemple de faire du FRET, de l’imagerie calcique.
Un formulaire de demande de service est à remplir sur Openiris https://openiris.io/
Clarification
La clarification consiste à rendre transparent des échantillons opaques optiquement et permettre une meilleure analyse en profondeur de leur structure. Après immuno-marquage de l’échantillon (minimum 1 semaine), c’est par différents traitements chimiques que le tissu est alors transparisé avant d’être imagé. La clarification se fait aussi bien sur coupe épaisse que sur tissu entier.
Nous proposons sur la plateforme, un service pouvant aller de la coupe du tissu à l’acquisition d’image, en passant par un accompagnement technique en fonction des besoins.
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Microscopie de super-résolution
- Aide à la préparation d'échantillons
- fixation, marquage, tampon
- Aide à l'acquisition
- Pointillisme, STED, STED-FLIM, ExM
- Aide à la quantification
Imagerie intravitale
- Système d'anesthésie (murin)
- Chirurgie
- Contrast SHG / THG
- Modèles murins, poisson, ovo
- Confinement L2
Traitement d'images
- Restauration d'images par déconvolution 3D
- Automatisation
- Segmentation
- Deep learning (CellPose, Ilastik)
- Histo-cytométrie
- Tracking
Cochin Image Database
- Sauvegarde et archivage d'images en ligne
- Traitement en ligne (Macro ImageJ, CellPose)
- Restauration d'images par déconvolution 3D (Huygens)
- DOI
- PGD Plan de Gestion de Données
- Transfert
- Partage
- Données : microscopie photonique, électronique, échographie, cytométrie, histologie, génomique, protéomique
- Viewer Images Pyramidales
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