Résumé

L'endométriose est une pathologie inflammatoire chronique fréquente, dont les manifestations cliniques dépassent le cadre des douleurs pelviennes et de l'infertilité. La diversité des symptômes — incluant douleurs neuropathiques, troubles digestifs et comorbidités systémiques — ainsi que l'absence possible de corrélation entre ces symptômes et la cartographie des lésions suggèrent une maladie à expression systémique, dépassant le seul processus lésionnel local. Si la théorie du reflux tubaire de tissu endométrial au cours des menstruations constitue l’hypothèse historique dominante, elle ne permet pas d’expliquer pourquoi seuls 10 % des femmes développent la maladie. Une altération de la réponse immunitaire semble nécessaire, mais non suffisante. Par ailleurs, la présence de bactéries ou de leurs dérivés dans la cavité péritonéale et utérine, ainsi que les liens reconnus entre microbiote, immunité et pathologies immuno-inflammatoires, suggère une implication bactérienne dans la physiopathologie de l'endométriose. Nous avons ainsi formulé l'hypothèse que certaines espèces bactériennes, par leurs interactions avec les muqueuses et le système immunitaire, pourraient contribuer à la genèse des lésions ou participer à l'inflammation caractéristique de l'endométriose. L'objectif de cette thèse est d'explorer ces relations à travers une double approche : une première phase de synthèse critique des connaissances sur les microbiotes intestinaux, vaginaux et utérins dans l'endométriose, suivie d'un travail expérimental combinant modèles murins et investigations cliniques humaines. Dans un premier temps, un modèle murin d'endométriose a permis d'évaluer l'impact d'un régime alimentaire de type occidental, pro-inflammatoire. Ce régime double le volume des lésions d’endométriose par rapport à un régime standard, et s'accompagne de la disparition d'Akkermansia muciniphila, une bactérie reconnue pour ses effets immunomodulateurs bénéfiques. La seule induction de l'endométriose modifie par ailleurs significativement la composition du microbiote intestinal, indépendamment de l'alimentation, suggérant une interaction bidirectionnelle entre maladie et microbiote. Un second volet clinique a porté sur la plus vaste cohorte d'infections d'endométriomes décrite à ce jour. Les données révèlent une écologie bactérienne distincte de celle des infections génitales hautes, dominée par des bactéries intestinales, principalement Escherichia coli. Ce tropisme particulier d'E. coli pour le tissu endométriosique suggère une affinité spécifique pour ce tissu. Des analyses complémentaires ont montré que, chez les patientes atteintes d'endométriose, l'expression de la glycoprotéine transmembranaire MUC1 est augmentée dans le stromal endométrial des patientes avec endométriose. In vitro, l’exposition de cellules endométriales aux lipopolysaccharides d’E. coli induit une réponse pro-inflammatoire stromale par l’activation de la voie PI3K/Akt, réponse non observée par exposition à A. muciniphila. Enfin, une étude pilote de séquençage 16S du contenu d'endométriomes non infectés a mis en évidence des signatures bactériennes spécifiques, incluant E. coli et A. muciniphila, absentes des contrôles techniques, suggérant une colonisation intrinsèque. Ces résultats convergent vers une hypothèse forte : certaines espèces bactériennes agissent comme des modulateurs clés de la réponse immuno- inflammatoire dans l'endométriose. Certaines paraissent délétères, d'autres potentiellement protectrices. Ce nouveau paradigme, qui intègre les dimensions bactériennes, immunitaires et environnementales, ouvre des perspectives prometteuses en termes de prévention, de diagnostic et de traitements innovants fondés notamment sur la modulation ciblée du microbiote.