Voici un aperçu des différentes options pour vos projets en épigénétique :

Projet ChIPseq :

L'équipe demandeuse se charge de la préparation des ADN immunoprécipités. GENOM'IC prend en charge la préparation des banques avec le kit MicroPlex de Diagenode. Nous assurons ensuite un séquençage paired-end avec un nombre de lectures adapté selon la cible que vous étudiez (facteur de transcription, marques histones etc.)

Projet ATACseq :

L'équipe demandeuse peut nous fournir au choix des fragments ADN isolés après tagmentation, ou des banques déjà préparées. Les échantillons seront séquencés en paired-end avec 50 millions de lectures par échantillon.

Projet CUT&Run ou CUT&Tag :

L'équipe peut nous fournir des fragments préalablement isolés, ou nous confier des banques préparées par leur soin. Les échantillons seront séquencés en paired-end, avec un nombre de lectures variant de 2 à 10 millions par échantillon.

Vous vous posez des questions sur la stratégie à adopter pour votre projet ? N'hésitez pas à nous contacter pour en discuter !

Analyse bioinformatique des données

Nous proposons une gamme complète d’analyses standard et avancées, incluant :

• Le contrôle qualité des lectures (FastQC, MultiQC).
• Alignement des séquences sur le génome de référence avec Bowtie2.
• Peak calling avec MACS3.
• Annotation des pics par ChIPseeker (proximité avec les gènes, régions régulatrices…).
• Analyse fonctionnelle (Gene Ontology, enrichissement de voies) sur demande avec clusterProfiler.
• Analyse différentielle des pics (comparaison entre conditions) avec Diffbind.
• Recherche de motifs de liaison (motif discovery) en option.

Chaque projet fait l’objet d’une discussion préalable avec la plateforme pour définir la stratégie expérimentale et bioinformatique la plus adaptée.

Pour toute demande, merci de contacter la plateforme à :
u1016-genomique@inserm.fr

Et si notre prestation ne couvre pas vos besoins en bioinformatique ? Vous pouvez à tout moment contacter la plateforme BIOINFORMAT'IC pour en discuter !