Prestation Bulk RNAseq

La plateforme GENOM'IC vous propose un accompagnement complet pour vos projets de bulk RNAseq, depuis les échantillons jusqu’à l’analyse des résultats.

Nous prenons en charge le séquençage du transcriptome total, codant (polyA), ou après déplétion des ARN ribosomiques, ou des petits ARN, selon les spécificités de votre projet. Toutes les banques préparées sont ensuite séquencées sur un appareil NextSeq d'Illumina.

Notre offre standard comprend :
🔹 Le contrôle qualité initial des ARN fournis (quantité, intégrité)
🔹 La préparation des banques adaptées à votre type d’échantillon
🔹 Le séquençage des banques (single ou paired-end, profondeur modulable)
🔹 Le contrôle qualité des données brutes générées

Chaque projet fait l’objet d’un devis personnalisé, adapté à vos besoins expérimentaux (type de banque, profondeur, nombre d’échantillons...).

En option, nous proposons également :
Une analyse bioinformatique de premier niveau incluant : l’alignement des lectures, le contrôle qualité des alignements, l’identification des gènes différentiellement exprimés et l'analyse différentielle entre vos différentes conditions. Vous trouverez également les informations sur l'outil RADISH qui vous permettra d'exploiter ces données.

Vous pouvez nous contacter pour toute demande par mail : u1016-genomique@inserm.fr, ou compléter directement le formulaire de demande projet sur notre page d'accueil.

Technologies

Bulk RNAseq : plusieurs approches pour s'adapter à vos échantillons

Vous avez un projet de RNAseq ? Nous vous proposons plusieurs stratégies en fonction de la qualité et de la quantité de vos ARN. Voici un aperçu des différentes options :

RNAseq "classique"

Pour qui ?
Vous disposez d'ARN de bonne qualité (RIN > 7) et en quantité suffisante (> 50 ng)

Ce qu'on vous propose :

Capture des ARN polyA pour cibler les ARN messagers
Déplétion ribosomique pour analyser l’ensemble du transcriptome, y compris les ARN non codants

Les solutions les plus courantes pour les études transcriptomiques.

RNAseq "low input"

Pour qui ?
Vous avez une faible quantité d'ARN (< 50 ng), ou ne disposez que de quelques cellules, mais souhaitez quand même exploiter votre échantillon.

Ce qu'on vous propose :
Des protocoles optimisés pour les petits volumes et les échantillons rares.

RNAseq 3’ : la solution pour les ARN dégradés

Pour qui ?
Vos échantillons ont une qualité plutôt mauvaise (RIN < 5) ou proviennent de coupes FFPE

Ce qu'on vous propose :
Le 3’ RNAseq, une approche robuste pour les ARN dégradés, avec un profil d’expression proche des puces à ADN . C'est également la solution la plus économique (faible nombre de lectures par échantillon).

Et si vous vous intéressez aux petits ARN ?

Nous proposons également la préparation des banques pour l'étude des petits ARN (miRNA, etc.).


Type d'échantillon	Approche proposée	Avantages
Bonne qualité / quantité (RIN > 7 / > 50ng)	PolyA ou déplétion ribosomique	Transcriptome complet
Faible quantité (< 50 ng)	Low input RNAseq	Pour les échantillons rares
ARN dégradé (RIN < 5 / FFPE)	3' RNAseq	Données robustes mêmes avec des ARN altérés
Petits ARN	Small RNAseq	Spécifique miRNA

Analyses RNA-Seq : un outil pour exploiter vos données

Vous pouvez explorer et réaliser des figures de vos données analysées par GENOM'IC grâce à l'outil RADISH (a RNA-Seq Dashboard In SHiny).
N'hésitez pas à l'essayer et à nous contacter pour plus de renseignements.

Voici l'adresse du Github pour découvrir l'application et avoir les informations d'installation :

https://github.com/GENOM-IC-Cochin/Radish

L'application est utilisable en interne sur cette adresse : http://sequencage:3200; ou bien depuis l'extérieur sur cette adresse http://localhost/, après avoir installé Docker et mis en route l'image Radish.

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