- L'ensemble des données sont sauvées et archivées via le logiciel CID Cochin Image Database https://imagerie.cochin.inserm.fr.
- Les données sont dans un premier temps enregistrées temporairement sur l'ordinateur du système d'acquisition, en général sur un espace disque D:\DATA\Images\nom équipe.
- Via un login unique (identique au compte INSERM) chaque membre d’une équipe peut via le CID, sauvegarder et archiver l’ensemble des données produites sur les plates-formes de l’institut Cochin.
- Plate-forme IMAG’IC
- Tous les microscopes
- Plate-forme CYBIO
- CYTEK
- Plate-forme HisTIM
- Scanner de lame
- Plate-Forme GENOM'IC
- NGS
- Plate-forme Microscopie électronique
- MET
- Plate-forme PIV
- écographie
- Systèmes communs Institut Cochin
- Fusion Roussy
- Fusion Méchain
- Fusion Faculté
- Plate-forme IMAG’IC
- chaque login est unique et ne donne droit d’accès qu'au Projet de son équipe.
- il est possible de partager des Datasets avec des personnes extérieures à l'équipe.
- Le CID, sous forme de Cloud, est hébergé par la DSI INSERM dans les locaux de l’Institut Cochin.
- Salle serveur sécurisée et climatisée.
- Les serveurs sont gérés par la DSI INSERM et sous garantie constructeur de 7 ans.
- L'interface du CID et l'ensemble des vignettes (images .jpeg représentant les données), sont sur un serveur WEB de l'Institut Cochin. Si le serveur WEB est attaqué, Il peut être à tout moment reconstruit par le serveur Image.
- L’ensemble des données sont stockées sur un serveur Image dans les locaux de l’Institut Cochin. Une sauvegarde complète est faite chaque jour dans un des 4 autre bâtiment de l'Institut Cochin. Si le serveur Image est endommagé, une restauration est lancée via cette copie.
- Metadonnées
- Lors de l’import via le CID, les métadonnées machines sont automatiquements enregistrées sous forme de tags pour l’archivage :
- Nom système d’acquisition
- Objectifs
- Lasers
- Filtres
- Tube
- Manipes
- Date d’acquisition
- Nom de l’utilisateur
- Métadonnées qualité sont calculés automatiquement à l'import de chaque donnée.
- SNR SVI : calcul du rapport signal à bruit sur 12bit pour chaque image produite sur IMAG'IC. Il y a une valeur par canaux. Ce SNR SVI est utilisé par le logiciel Huygens pour adapter la restauration par déconvolution 3D à chaque type de signaux.
- Chaque utilisateur peut rajouter des tags échantillons
- Type de cellule
- type de tissu
- Marqueur
- Protéine
- molécule
- il est ainsi possible de retrouver toutes données importées dans le CID par la recherche de ces tags machines ou échantillons
- Lors de l’import via le CID, les métadonnées machines sont automatiquements enregistrées sous forme de tags pour l’archivage :
CID Cochin Image Database
le logiciel CID Cochin Image Database permet la sauvegarde et l'archivage des données brutes de l'Institut Cochin
