Florence Niedergang possède une expertise internationalement reconnue en phagocytose.

Elle étudie la biochimie et l'immunologie à l'ENS Cachan et à l'Université Paris Diderot et obtient son doctorat en 1997 à l'Institut Pasteur pour des études sur l'activation des lymphocytes T. En tant que post-doctorante financée par l'ARC et l'EMBO à l'Université de Lausanne (Suisse), elle étudie le rôle des cellules dendritiques et des macrophages sur l'absorption et la survie des bactéries dans l'intestin.

En 2001, Florence Niedergang est recrutée au CNRS et affectée à l'Institut Curie pour analyser les mécanismes moléculaires de la phagocytose des macrophages. Elle rejoint l'Institut Cochin en 2005, financée par les Programmes Start du CNRS (ATIP) et de la Ville de Paris, pour développer un projet sur les mécanismes de clairance et d'activation dans les cellules phagocytaires, tant dans des conditions normales que pathologiques, telles que les infections virales. Elle crée ensuite l'équipe « Biologie des Phagocytes, Infection et Immunité » qu'elle dirige toujours.

Florence Niedergang est auteure de 67 publications, 6 chapitres de livres et 3 brevets. Elle est membre du conseil scientifique de l'Institut des Sciences Biologiques du CNRS (INSB), co-coordinatrice du « Nœud Paris Centre » de l'infrastructure nationale France BioImaging, co-directrice du GDR AQV (Approches Quantitatives du Vivant), co-directrice de Microb'UP (Institut Hors Murs Microbiologie, Université Paris Cité), et présidente de la Société de Biologie Cellulaire de France (SBCF).

En 2012, elle est élue co-directrice, puis directrice en 2017, du département « Infection, Immunité et Inflammation » de l'Institut Cochin. Le 1er janvier 2022, elle succède à Pierre-Oliver Couraud à la direction de l’Institut Cochin.