Résumé

Découvert il y a quarante ans, le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est responsable de l'une des plus vastes pandémies virales contemporaines. L'avènement des thérapies antirétrovirales a considérablement amélioré l'espérance et la qualité de vie des personnes vivant avec le VIH. Toutefois, le virus persiste au sein de réservoirs de latence composés de cellules ayant intégré au sein de leur génomes des provirus silencieux mais réactivables. En l'absence de traitement ciblant ces réservoirs, leur persistance représente une barrière majeure à l'élimination du virus et à la guérison des patients. L'un des principaux enjeux actuels est donc de comprendre les mécanismes moléculaires qui gouvernent la mise sous silence du VIH-1. La répression de la transcription du provirus latent résulte d'un processus multifactoriel impliquant des déterminants viraux et cellulaires. Lorsqu'elle n'est pas levée efficacement, la pause proximale de l'ARN polymérase II (ARNPII) au niveau du promoteur viral LTR5' (séquence Terminale Longue Répétée 5') peut conduire à la terminaison prématurée de la transcription (PTT) du provirus, contribuant ainsi à la latence transcriptionnelle du VIH- 1. De récentes études montrent que la PTT permet d'atténuer la transcription de régions codantes et non-codantes du génome cellulaire. Elle implique plusieurs voies de terminaison et peut être associée à la reconnaissance de signaux de polyadénylation (PAS) cryptiques par le complexe de clivage et de polyadénylation (CPA). Du fait de la présence de deux LTR identiques à chacune des extrémités du génome viral, le PAS qui assure la terminaison des ARN messagers viraux à l'extrémité 3' se trouve également au niveau du promoteur LTR5', à proximité du site de démarrage de la transcription (TSS). Des études antérieures ont montré que la déplétion de la sous-unité PCF11 du complexe CPA réactive l'expression du VIH-1 latent. Cependant, les fonctions du complexe CPA et du PAS proximal dans la répression du provirus latent n'ont pas encore été élucidés.

L’objectif principal de ma thèse était donc de caractériser le rôle des CPA dans la répression transcriptionnelle du VIH-1 dans les cellules infectées de façon latente.

Nous avons tout d'abord évalué le rôle du complexe CPA dans la régulation de la transcription basale du promoteur viral LTR5' et identifié que seul PCF11 réprime l’activité transcriptionnelle du promoteur viral indépendamment des autres CPA et du PAS. Alors que PCF11 ne s'associe que transitoirement au complexe CPA canonique, nous avons identifié qu'il interagissait avec un nouveau partenaire : WDR82. Nous avons ensuite établi le rôle de PCF11 et WDR82 dans le maintien de la latence post-intégrative du VIH-1. PCF11 et WDR82 sont recrutés de manière interdépendante au niveau d’une région proximale située en aval du promoteur et leur codéplétion indique qu'ils coopèrent au sein de la même voie pour réprimer la transcription virale.

Mes travaux ont ainsi permis d'identifier un nouveau complexe de terminaison de la transcription et d'établir sa contribution à la répression transcriptionnelle du VIH-1 dans les cellules infectées de façon latente.

Mots-clés : VIH-1 – Latence – Transcription – Terminaison – PCF11 – WDR82