Raphaël Scharfmann a obtenu son doctorat en 1989 à l'Université Paris VII. Il a ensuite effectué un post-doctorat à l'Institut Salk de La Jolla, en Californie (1989-1991) et a obtenu un poste permanent à l'Inserm fin 1991. Il a reçu le prestigieux prix Minkowski (pour ses recherches éminentes dans le domaine du diabète en Europe) (1999), le prix de la Société européenne d'investigation clinique (2003), le prix de l'Académie nationale de médecine (2010) et le prix Bettencourt (Coup d'élan à la recherche française) (2012). Il est actuellement directeur de recherche à l'Inserm au sein de l'Institut Cochin. Il est également cofondateur d'EndoCells/UniverCell Biosolutions, une société de biotechnologie française. L'objectif principal de son groupe est de définir les signaux régulant la masse fonctionnelle des cellules bêta chez le rongeur et l'homme.

Raphael Scharfmann est également co-fondateur de la Fondation Institut Cochin.