Les équipements de la plateforme Proteom'IC

Préparation des échantillons

  • Une salle propre est dédiée à la préparation des échantillons.
  • Robot TECAN : l’automate de digestion "Tecan" 8 canaux permet de digérer des séries de 96 échantillons issus de gels de polyacrylamide 1 ou 2D  à fins d’analyses MS directes ou en plaques de microtitration pour injection préalables en LC.
  • Chaînes nanoHPLC : 4 chaînes nanoHPLC Dionex Ultimate 3000 "assistent" les spectromètres de masse en mode ionisation par électrospray (ESI)
Proteomic, salle propre dédiée aux échantillons
Proteom'IC, spectromètre de masse Orbitrap spectromètre de masse de type Orbitrap

Spectrométrie de masse

  • timsTOF HT : sur financements DIM Thérapie Génique 50%, IBiSA 31% et Carpem 19%, la plateforme a upgradé en septembre 2023 un spectromètre de masse timsTOF Pro en timsTOF HT. Le timsTOF HT est équipée de la toute dernière et quatrième génération de cellule TIMS, la cellule TIMS-XR haute capacité, et d'un système avancé de détection/digitalisation conférant une plus haute gamme dynamique d'analyse et de quantification.
  • timsTOF Pro : sur financements DIM Thérapie Génique 38%, GR-Ex 25%, Université de Paris 22%, IBiSA 12% et divers 3%, la plateforme s’est équipée en juin 2020 de 2 spectromètres de masse timsTOF Pro. Le timsTOF utilise la méthode d'acquisition PASEF (Parallel Accumulation Serial Fragmentation) pour fournir une vitesse et une sensibilité extrêmement élevées afin d'atteindre de nouvelle profondeurs en protéomique et phosphoprotéomique avec de faibles quantités d'échantillons.
  • Orbitrap "Fusion" : sur financement Université 25%, Canceropôle 25% et UE 50%, la plateforme a acquis en 2015 d’un spectromètre de type Orbitrap de dernière génération, permettant des performances de résolution et de rapidité exceptionnelles avec la flexibilité de 3 analyseurs, 2 modes de fragmentation et 2 détecteurs.
  • Orbitrap "Q-exactive" : la plateforme s’est équipée en 2015 d’un Q-exactive plus Thermo et de deux sources "Triversa nanomate" Advion (financements InCA, Ibisa, Université) pour satisfaire au plus près de la demande d’analyse.

Électrophorèses

  • 1ère dimension : 3 IPGphor (GE Healthcare) avec Manifold pour l'électrofocalisation des protéines.
  • 2ème dimension : 1 appareil Ettan-Dalt 12 et 2 appareils Ettan-Dalt 6 (GE Healthcare) pour la migration respectivement de 12 et 6 gels SDS-PAGE.
  • Scan & analyses d'images : 1 scanner à fluorescence Typhoon FLA9500 (GE Healthcare) pour la digitalisation des gels 2D-DIGE et 5 licences DeCyder 7.0 (GE Healthcare) pour les analyses d'images dédiées 2D-DIGE.