GENOM'IC réalise le contrôle qualité d'ARN et d’ADN sur deux Bioanalyzer 2100 d’Agilent pour tout type d’équipe sous la forme de 4 prestations. Ces contrôles qualités permettront par exemple de valider la qualité des ARN totaux, des petits ARN ou des profils d’ADN immunoprécipité.

En pratique :

Le client fourni un aliquot de ses échantillons, accompagné de la fiche de dépôt (rubrique formulaires). En retour, la plateforme lui retourne par mail le rapport du run. Quatre prestations payantes sont disponibles :

• Bioanalyzer Nano (concentrations ARN total comprises entre 5 et 500 ng/µL)
• Bioanalyzer Pico (concentrations ARN total comprises entre 50 pg et 5 ng/µL)
• Bioanalyzer Small (concentration ARN total comprises entre 1 et 100 ng/µL ; concentration en petits ARN enrichies comprises entre 1 et 20 ng/µL)
• Bioanalyzer HS (concentrations ADN comprises entre 5 et  500 pg/µL)

L'utilisateur nous fournit au minimum 3 µL d'échantillon dans des microtubes 0.2 mL ou 0.5 mL RNAse et DNAse free accompagnés de la fiche remplie et du rapport de mesures des concentrations des échantillons obtenus sur un Nanodrop.

Des Nanodrop 1000 et 2000 sont mis à disposition des équipes dans chaque bâtiment de l’Institut. Ces appareils sont placés sous la responsabilité des bâtiments.

La plate-forme propose des prestations de séquençage du transcriptome (total, codant, petits ARN) ou RNA-Seq basées sur l’utilisation du NextSeq d’Illumina.

A partir des ARN fournis par le client, la prestation de base englobe le contrôle qualité des échantillons, la production des banques, leur séquençage et le contrôle qualité des données brutes. Les approches de séquençage (lectures simples ou pairées, profondeur des lectures) sont modulables et adaptables en fonction du projet. Chaque projet fera l’objet d’un devis adapté tenant compte de ces différents aspects.

La plate-forme propose également une prestation d’analyse des lectures produites (alignement et contrôle qualité des alignements) et une analyse statistique de ces données permettant d’obtenir une liste de gènes différentiellement exprimés.

Les différentes prestations de RNA-Seq proposées englobent le contrôle qualité des ARN fournis par le client, la préparation et le séquençage de la banque et le contrôle qualité des données produites.
On distingue :

- le séquençage du transcriptome codant après sélection polyA

• Principe : sélection des ARN messagers avec des billes oligo dT, puis Reverse Transcription en ADNc (conservation du sens des transcrits), ligation d’adaptateurs Illumina et amplification par PCR.
• Quantité d’ARN total : 50 ng – 4 µg
• Qualité des ARN recommandée : RIN > 7
• Kit utilisé : Illumina Stranded mRNA prep Ligation ou NEBNext + Ultra II

- le séquençage du transcriptome total par déplétion ribosomique

• Principe : déplétion des ARN ribosomiques (cytoplasme + mitochondries) avec des sondes biotynilées (sur billes), puis Reverse Transcription en ADNc (conservation du sens des transcrits), ligation d’adaptateurs Illumina et amplification par PCR.
• Quantité d’ARN total : 500 ng – 4 µg
• Qualité des ARN recommandée : RIN > 7
• Kit utilisé : Illumina Total Ribo-Zero Plus

- le séquençage du transcriptome 3' mRNA-seq

• Principe : sélection des ARN messagers avec des amorces oligo dT, élimination de la matrice ARN, Reverse Transcription en ADNc (conservation du sens des transcrits), ligation d’adaptateurs Illumina et amplification par PCR.
• Quantité d'ARN total : 500pg - 500ng
• Qualité des ARN recommandée : RIN > 4 ou FFPE
• Kit utilisé : QuantSeq 3' mRNA-seq

- le séquençage des petits ARN

• Principe : à partir des petits ARN purifiés ou d’ARN total, ligation orientée d’adaptateurs, RT-PCR et purification sur gel.
• Quantité d’ARN total : 1 µg
• Quantité de petits ARN purifiés : 10-50 ng
• Kit utilisé : QIASeq miRNA ou NEXTFlex

- le séquençage des ARN en petites quantité (low input)

• Principe : enrichissement des ARN totaux, déplétion des transcrits abondants avec la technologie AnyDeplete (ribosomes, globines etc.), ligation d’adaptateurs Illumina et amplification par PCR.
• Quantité d’ARN total : 10 pg – 10 ng (1 – 500 cellules)
• Qualité des ARN recommandée : RIN > 8
• Kit utilisé : NEBNext Low Input ou SMART-Seq Ultra Low Input

Pour cette prestation, GENOM'IC peut venir en aide pour réaliser l’étape d’extraction d’ARN total à partir d’une suspension de quelques centaines de cellules. Nous contacter.

En pratique :

Pour toute demande, contactez-nous directement par mail  ou au 0140516565.

La plateforme propose des prestations de séquençage ChIP-seq, ATAC-seq, ainsi que CUT&Run et CUT&Tag.

A partir des ADN fournis par le collaborateur, la prestation de base englobe le contrôle qualité des échantillons, la préparation des banques, le séquençage et le contrôle qualité des données brutes. Les approches de séquençage (lectures simples ou pairées, profondeur des lectures) sont modulables et adaptables en fonction du projet. Chaque projet fera l’objet d’un devis adapté tenant compte de ces différents aspects.

Séquençage de chromatine immunoprécipitée :

• Principe : réparation des fragments d’ADN immunoprécipité, ligation d’adaptateurs Illumina puis amplification par PCR.
• Quantité d’ADN : 100 pg – 50 ng
• Taille des fragments recommandée : <  1 000 bp (idéalement entre 200 et 800 bp)
• Kit utilisé : MicroPlex v4 (Diagenode)

Séquençage ATAC :

• Principe : amplification des fragments d'ADN par PCR
• Quantité d'ADN : dépend des projets (à partir de 50 000 cellules)
• Kit utilisé : Nextera Illumina, Diagenode ou ActiveMotif

En pratique :

Pour toute demande, contactez-nous directement par mail ou au 0140516565.

GENOM'IC propose une prestation d'analyse qui comprend le contrôle qualité des séquences, l'alignement et le peak calling. N'hésitez pas à prendre contact avec nous.

Dans le cadre de ses analyses transcriptomiques, GENOM'IC produit et valide ses données à l’aide de contrôles qualité adaptés à chaque technique. Ce contrôle permet d’assurer au client la qualité des données fournies. GENOM'IC assure ensuite l’analyse statistique des données.

Pour les puces à ADN, la prestation de base incluse la production et l’analyse des données. Des analyses non supervisées et supervisées sont réalisées afin d’identifier d’éventuels biais techniques ou échantillons aberrants pouvant bruiter l’analyse. L’expérience de la plateforme dans ce domaine permet d’individualiser l’analyse de chaque projet. Un dossier récapitulant ces différents points et les listes de gènes différentiellement exprimés est fourni au client, accompagné de documents explicatifs de la méthodologie statistique utilisée. La plateforme est disponible pour discuter et expliquer au client ces différents points. GENOM'IC met à disposition un texte de matériels et méthodes pour une future publication scientifique.

Pour le RNA-seq, une prestation d’analyse bio-informatique - incluant les étapes d’alignement, de contrôle qualité des alignements et d’analyse différentielle (permettant d’obtenir une liste de gènes différentiellement exprimés) - est proposée aux clients. La prestation englobe

• le travail d’alignement, la mise à disposition du client d’un rapport d’analyse résumant les différents contrôles qualités de cet alignement, accompagné de documents explicatifs des différentes métriques calculées.
• le travail d’analyse, la mise à disposition du client d’un rapport d’analyse résumant les différents contrôles qualité effectués, accompagné de documents explicatifs de la méthodologie statistique utilisée.

Pour le single-cell RNA-Seq, la plateforme propose une première analyse avec le logiciel cellranger, dont la version et les paramètres sont adaptés au protocole utilisé pour chaque projet. Cette prestation comprend

• l’alignement ainsi que les contrôles qualités pour chaque échantillon, avec un rapport web explicatif
• une première clusterisation des cellules avec:
• Un fichier exploitable par l’équipe avec le logiciel Loupe Browser proposé par 10X Genomics
• Un ensemble de matrices brutes ou filtrées exploitable sous R, avec le package Seurat par exemple

La plateforme reste disponible pour discuter et expliquer au client ces différents points, et met à disposition un texte de matériels et méthodes pour une future publication scientifique.

GENOM'IC propose également ses services pour la représentation graphique des résultats (comme les Heatmaps ou volcano plot par exemple) ou pour des analyses bio-informatiques spécifiques d’un projet. Dans ce dernier cas, la possibilité ou pas de conduire une analyse spécifique ou un développement de nouveaux pipelines est évaluée en fonction des disponibilités du personnel et un devis estimatif de l’analyse est proposé.

GENOM’IC traite des projets single cell et single nuclei pour diverses applications (RNA-seq, ATAC seq, répertoire B et T, CITE-seq) basées sur la technologie 10X. Les étapes de préparation cellulaire et nucléaire sont réalisées par les équipes ; GENOM’IC prend en charge la préparation et le séquençage des banques, l’analyse standard des données (analyse obtenue de la suite 10X Cell Ranger). Une analyse plus poussée peut être envisagée en fonction des disponibilités du personnel et fait l’objet d’un devis estimatif.

En partenariat avec la plateforme d'histologie HISTIM, une prestation de transcriptomique spatiale est également proposée (technologie VISIUM 10X Genomics).

En pratique :

Toute équipe intéressée par une analyse single cell ou transcriptomique spatiale doit prendre rendez-vous pour discuter de la faisabilité du projet (ngs.u1016@inserm.fr)

La plateforme met à disposition des équipes de l’Institut Cochin quatre LightCycler^® 480 (Roche). Elle assure la mise à jour des logiciels, le suivi et la maintenance des appareils. Cette mise à disposition s’effectue sous forme de plages de réservation d’1h30 faite sur le site de l’Institut Cochin.

GENOM'IC forme chaque année une cinquantaine d’utilisateurs à la technique de la PCR en temps réel et à la manipulation des LC480 sous la forme de sessions de formation mensuelle :

• une formation LC480 obligatoire pour les nouveaux utilisateurs (effectuée sur le LC480 Idéfix au 7eme étage Roussy pièce 723 de 10h30 à 12h le vendredi)

• une formation théorique optionnelle : initiation et perfectionnement à la PCR en temps réel (Amphithéâtre G Roussy 1er sous-sol de 14h à 16h30 le vendredi)

Vous trouverez au lien suivant le formulaire à remplir pour suivre une formation :

Formation LC480 

Formation théorique

L'inscription doit se faire au plus tard le mercredi précédant la formation.