L’équipe de la plateforme IMAG'IC vous attend tout les mardi matin à l’Open Desk d’analyse d’images.

 L’objectif de ces sessions d’Open Desk est de vous apporter un soutien et des conseils, gratuits et sans engagement, en analyse d’images biologiques pour vos projets de recherche. Nous serons disponibles pour répondre à vos questions concernant l’analyse de vos propres images ou des problématiques plus générales liées au traitement et à l’analyse d’images. Nous ferons de notre mieux pour identifier une approche ou un outil existant, logiciels open source ou propriétaires, avec ou sans IA, permettant de répondre à votre problématique spécifique, et pour discuter avec vous des étapes les plus pertinentes à envisager pour la suite de votre projet.

Chaque session se déroule tous les mardi matin de 10h à 12h :

• 10h : Créneaux individuels sur réservation (1 heure) : un rendez-vous personnalisé avec un des analystes de la plateforme pour discuter de votre problématique et identifier des solutions adaptées à vos données. 
• 11h : Open Desk en libre accès : un temps d’échange informel, sans inscription, pour poser des questions rapides, discuter de méthodes d’analyse ou découvrir des outils utiles à vos projets.

Lieu : Bâtiment Roussy  pièce 501
Réservation des créneaux individuels mardi à 10h : https://openiris.io/#!/scheduler/timeline?id=256b68df-a448-4d30-867c-0fd069fe6415

Ilastick, logiciel de segmentation 2D et 3D. Ne possède pas de modèle pré entrainé mais permet de créer facilement ses propres modèles à partir d’annotations et de les utiliser en Batch. L’annotation est faite directement sur le logiciel.

L'ensemble des fonctionnalités d'Ilastik est disponible directement sur le CID.

Huygens 26. est un logiciel de déconvolution d’images développé par Scientific Volume Imaging (SVI), spécialisé dans la restauration d'images, par déconvolution 3D, acquises en microscopie (confocale, spinning-disk, widefield, super-résolution, STED, Light-sheet, etc.). Il utilise des algorithmes avancés comme CMLE (Classic Maximum Likelihood Estimation) ou Good’s Roughness pour corriger les effets de flou et de bruit, en optimisant la PSF (Point Spread Function). Le logiciel prend en charge les images 2D, 3D, 3D+t et multi-canaux. Ses fonctionnalités incluent la restauration de détails fins, la suppression du bruit et l’analyse quantitative des images.

l'ensemble des fonctionnalités de Huygens 26. est disponible directement sur le CID

NIS-Elements 6. est un logiciel d’imagerie et d’analyse avancée développé par Nikon, conçu pour la microscopie optique et la recherche scientifique. Il permet l’acquisition, le traitement et l’analyse d’images en temps réel, avec des fonctionnalités comme la reconstruction 3D, le time-lapse, et la gestion multi-dimensionnelle (2D/3D/4D). Inclut des outils d’analyse quantitative (mesures, segmentation, suivi cellulaire). Compatible avec des modules spécialisés comme NIS-Elements AR (pour la recherche avancée), il prend en charge des formats standards et permet une automatisation des workflows. Idéal pour les applications en biologie cellulaire, neurosciences et imagerie biomédicale.

Arivis 4., Logiciel d’analyse 3D. Possibilité de créer des pipelines d’analyses d’images complexe avec de très nombreuses options disponibles : filtres, denoising, segmentation en deep learning, gating des résultats.

Réservation PC avec Arivis 4. bâtiment Roussy pièce 515 sur OpenIRIS : https://openiris.io/#!/scheduler/timeline?id=c739a1de-7f2c-4a93-81c6-095ef3072198

Exemple d’analyse de cellules acquises uniquement en lumière blanche sans contraste, avec une segmentation par le logiciel ilastik après apprentissage. Puis suivit des trajectoires de chaque cellule par le plugin TrackMate sur ImageJ