Institut de recherche biomédicale
     
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    Les équipements de la plate-forme

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    Les séquenceurs à haut débit

    Un système NextSeq™ 500 et un MiSeq™ d’Illumina.

    Les séquenceurs Illumina utilisent la chimie de séquençage par synthèse (SBS) pour identifier la séquence de clusters (fragments amplifiés) directement sur le support de séquençage (flow cell).

     

     

    Le système NextSeq 500 est un séquenceur de paillasse permettant de générer de 20 à 120 Gb de données en une seule analyse, assurant une flexibilité à travers une large gamme d’applications. Les longueurs de lectures vont de 75 à 300 bases.
    Le système MiSeq est un séquenceur de paillasse pour des applications de séquençage ciblé, de petits génomes, de métagénomique entre autres. Il permet de générer entre 0.5 et 15 Gb de données par run. Les longueurs de lectures vont de 36 à 600 bases.

    Un séquenceur Ion Torrent S5XL™ et un robot Ion Chef™ de ThermoFisher.

    Les séquenceurs Ion Torrent enregistrent les variations de pH lors de l’incorporation d’une base pour identifier la séquence des fragments amplifiés clonalement sur des billes situées à la surface d’un support semi-conducteur.

    Le S5XL est un séquenceur moyen débit permettant de délivrer de 0.3 à 15 Gb de données en une seule analyse, à l’aide d’une puce de capacité croissante (4 formats : 510, 520, 530 et 540). Les longueurs de lectures vont de 200 à 400 bases.
    Deux robots Ion Chef™ permettent d’automatiser les préparations des puces avant séquençage.

     

     

    Les puces à ADN

    La station Affymetrix de la plate-forme est constituée de trois fours à hybridation, trois fluidiques FS450 et un scanner 3000 7G.

     

    Les appareils de PCR en temps réel

    Quatre LC480 de Roche (bloc 384 et HRM) disponibles en pièce 5021 du bâtiment Faculté et pièce 723 du bâtiment Roussy.

     

     Pour réserver, accéder au calendrier de réservation de l’Institut ou contacter u1016-genomique@inserm.fr

     

    Les appareils de contrôle qualité des échantillons

    Deux Bioanalyzer 2100 d’Agilent pour le contrôle qualité des ARN et des ADN

    -        Deux Qubit de ThermoFisher pour le dosage des acides nucléiques par fluorimétrie

    -        Un Nanodrop 8000 pour le dosage des acides nucléiques

     

    Les appareils annexes

    -        Deux sonicateurs  S220 de Covaris pour la fragmentation par ultrasons des ADN.

    -        Deux thermocycleurs 2720, trois thermocycleurs 9700, deux thermocycleurs SimpliAmp™ de ThermoFisher

    -        Un serveur de stockage NetApp 100 To

     

    La plate-forme Nanostring  (technologie n Coulter®)

    Une Prep Station Flex est une station robotisée permettant l’hybridation directe de sondes multiplexées (ou codeset) sur leur cibles ADN, ARN ou protéine

     

     

     

    La PCR digitale

    Le système QX100™Droplet Digital™PCR de Biorad est composé d’un appareil générateur de gouttelettes et d’un appareil lecteur de gouttelettes après PCR.